ماموریت و اهداف مطابق اساسنامه مصوب، اهداف مؤسسه تحقیقات آب به صورت زیر تعیین شده اند: توسعه و گسترش پژوهش، تعمیق دانش و تولید فناوری در امور آب کوشش برای دستیابی به دانش و فناوری های نوین جهانی امور آب کوشش برای دستیابی به دانش و فناوری های نوین جهانی امور آب وظایف موسسه تحقیقات آب بررسی و شناسایی نیازهای پژوهشی امور آب برگزاری دوره ها، همایش ها، کارگاه های علمی وتخصصی در زمینه های مرتبط با آب انتشارکتب، نشریات تخصصی و ترویج نتایج تحقیقات ودستاوردهای علمی درزمینه آب تشخیص نیازهای پژوهشی و همکاری در تدوین برنامه های پژوهشی مربوطه ایجاد ارتباط مستمر با دانشگاه ها، واحدهای تحقیقاتی و انجمن های علمی-تخصصی مورد نیاز بخش های دولتی و غیر دولتی در کلیه زمینه های مرتبط با آب ایجاد ارتباط کارآمد با نیازهای متخصص و مبتکر در کشور و فراهم نمودن امکانات لازم برای بهره گیری از جدیدترین دستاوردهای پژوهشی امور آب